[smafd]

Si tu n'as rien fait sur ton site et si la base que tu as ne te sers que pour Joomla, je serais d'avis de refaire une install complète des fichiers sur ton ftp et lors de l'install à proprement parlé de l'application PHP, tu dois avoir (de mémoire) une option te permettant d'effacer complètement la bdd existante avant d'en recréer une "neuve".
Il est parfois plus simple et rapide de réinstaller que de s'arracher les cheveux (pour ceux à qui il en reste!) à vouloir trouver le petit fichier qui n'aura pas été transférer ou la ligne de code qui veut pas!
Je t'avoue que rien n'est garanti car encore une fois cela ne s'était jamais produit dans mon cas. N'oublies pas de nous dire si ton problème est résolu grâce à cela ou à une autre astuce...