[whynot]

chuis con. ouais normal que t'aies à recommencer comme un con
Si tu veux que ca s'applique à chaque boot, faut bidouiller du XF86Config.

Bon. tu lances xvidtune. tu fais tes réglages au poil. Quand t'as fini, clique sur le bouton "show" en bas à droite de la fenêtre.

knux@brouf:/home/knux> xvidtune  
 Vendor: Monitor Vendor, Model: Monitor Model 
 Num hsync: 1, Num vsync: 1 
 hsync range 0:  31.50 -  82.00 
 vsync range 0:  60.00 - 100.00 
 "1024x768"	 78.80   1024 1032 1128 1248	768  769  772  788 -hsync +vsync

Là tu gardes la ligne

"1024x768"	 78.80   1024 1032 1128 1248	768  769  772  788 -hsync +vsync

que tu vas copier-coller (remplacer la vieille correspondant par celle là) dans ton /etc/X11/XF86Config (avec emacs par exemple) dans la section Monitor (ou le truc qui ressemble, tu vois le truc).
Et X chargeant ceci au démarrage, la ligne corrigée va faire son boulot.