[Matt]

C'est vraiment un problème classique ... Par ailleurs, tes programmes en cours d'exécution fonctionnent encore, même si leur icône n'apparaît plus dans le systray : la plupart des programmes ne créent l'icône qu'au moment de leur démarrage, donc elle disparait en cas de redémarrage de l'explorer. Les quelques programmes dont l'icône subsiste sont ceux qui ont été prévus pour actualiser régulièrement leur icône (enfin je pense), à moins que ça ne se joue au niveau de la façon de créer l'icône au lancement du programme ...
Certaines icônes peuvent réapparaitre en relancant le programme (c'est le cas de celle de Daemon Tools par exemple : si le programme tourne déjà, le fait de le relancer fait réapparaitre l'icône, mais sans créer une nouvelle instance du programme).