Je ne sais pas quel logiciel tu utilises d'habitude, mais là il vaudrait mieux utiliser un encodeur compatible avec AviSynth.
Tu devrais créer un projet D2V avec
DGIndex et créer un fichier AVS introduisant ta vidéo (éventuellement coupée à la frame près).
Après il me semble que DivX Converter accepte directement les vob en entrée, ou même Virtual dans certaines de ses versions, mais la plus pratique des solutions (mais non la plus simple je te l'accorde) reste l'utilisation d'avisynth.
Il doit y avoir des tutos qui trainent un peu partout sur la toile...