Je connais celui là :
http://materiel.net/wizard/
j'ai jamais commandé un PC comme ça, mais j'ai déjà passer presque une dizaine de commande sur ce site et jamais de problèmes

(Par contre il est pas réputé pour être le meilleur marché, enfin ça se vaut jpense).
A priori en commandant avec l'assistant, y a pas trop de risque d'incompatibilité, on peut pas commander une CM pour pentium 4 et acheter un athlon 64

Après pour les incompatibilités plus "rares", c'est souvent problème de "place" disponible dans le boitier du genre un radiateur cpu trop grand qui touche l'alimentation voir un condensateur mal placée qui peut gêner si la carte graphique est trop grande... mais ça c'est quand même assez rare (le dernier que j'ai vu c'était sur une epox 8kha+ datant de 2002).