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Alors, déjà, une chose est sûre, si l'OS est dessus il faudra le réinstaller (enfin plutôt utiliser l'option "Réparer" du setup de Windows, ça t'évitera de réinstaller tous tes softs).
Pour ce qui est du maintiens des array RAID, dans le meilleur des cas les deux contrôlleurs utilisent la même signature et ça marchera comme sur des roulettes. Dans le pire des cas, ils n'utilisent pas la même signature, et là tu perds tout ... Après, y a peut-être un cas intermédiaire : pas la même signature, mais données conservées en reconfigurant l'array à la main dans le BIOS du nouveau contrôlleur.
Donc je te recommande fortement de sauvegarder tes données en te préparant au pire avant la migration (si tu es patient, je devrais faire une migration similaire vers la fin de l'été, je pourrais te dire ce que ça donne).
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