Plus que ça, la boîte de dialogue "Variables d'environnement" dont je parle ne fait que modifier des valeurs du registre.
Donc oui ça passe par le registre, et ça doit aussi être faisable directement (sans passer par cette boîte et juste en éditant).
Plus précisément, toutes ces variables se trouvent dans HKCU\Environment, et dans la tradition MS, en doublon à toutplein d'autres endroits