@Atlantia : C'est tout un répertoire qui se comporte comme ça, le raccourci n'est qu'un exemple. Tous étaient concernés par ce problème de droits, cygwin doit créer un nouvel utilisateur dès qu'il s'installe, et sur ce système il n'était pas présent

. J'ai remis "hériter les droits" et ça fonctionne impecablement maintenant !