salut,
je comprends ton problème, en fait Windows 2000, comme XP, rétablit la connexion de suite après le login mais avant tous les logiciels placés dans les groupes de démarrage, que ce soit dans le menu démarrer ou la base de registre.
J'ai peut-être une idée pour résoudre ton problème :
décoche la case "rétablir la connexion au démarrage" et, si c'est possible, crée un script (un .bat par exemple) qui te crée ta connexion ; ce script tu le mets dans le menu démarrer, ainsi il ne bloquera plus l'exécution de tes autres logiciels
par contre je ne sais pas comment faire ce batch... :/