En fait pour simplifier, la conception de la matrice implique que d'une manière ou d'une autre, un humain en prendra le contrôle : l'élu.
Pour résoudre ce problème (ce bug en quelque sorte), il faut trouver l'élu.
Pour le trouver, 2 moyens : les agents (types Agent Smith) et les humain qui pensent être libre (ceux de la cité Zion) qui sont en fait dans une matrice qui englobe la première
Si l'élu est trouvé par les machines, on le localise et on le tue.
Par contre si ce sont les humains qui le trouve(la seul vocation de Zion ? ) alors intervient la fameuse prophécie qui entraine le reset de la matrice et de Zion et l'histoire recommence
Mais petit hic, Néo n'a pas choisie la "bonne" porte et donc les choses risquent de changer ce que nous saurons dans Matrix Reloaded