NTFS intègre des fonctions de cryptage, de compression et surtout un contrôle d'accès que n'a pas FAT32. Il paraît (c'est encore à vérifier ...) que le NTFS est plus performant que la FAT32. En tout cas, dans un environnement
NT5+ Only il est clair que NTFS5 reste le meilleur choix. Après, il est plus délicat de récupérer un volume NTFS crashé (les outils sont moins libres qu'avec la FAT), et qu'il est impossible (enfin si ... mais pas par défaut) d'accéder ne serait-ce qu'en lecture aux volumes NTFS depuis Win9x. De même, sous Linux seul la lecture est supportée officiellement, l'écriture étant depuis longtemps en Experimental et même impossible pour le NTFS5.
Donc finalement, ce que tu perds en compatibilité, tu le gagnes en sécurité et en performances. Je te conseillerais donc NTFS.
Perso, comme j'utilise Linux et que je tiens à récupérer mes données même dans les situations extrêmes ([copyright] Menen
), j'ai mis ma partition système, sur laquelle sont installés Windows et mes logiciels, en NTFS5 et j'ai créé une seconde partition en FAT32 de données, que je peux donc récupérer avec tout mes petits outils sympathiques de rescue (ca m'est déjà arrivé quelques fois ...). Je peux de plus accéder sans pbs à cette partition de données depuis Linux en lecture-écriture, ce qui est un plus très important. Et finalement, je n'ai pas besoin de performances démentes sur cette partition qui ne contient ni le fichier d'échange, ni les logiciels, c'est finalement un bon compromis.