Perso, je fais ça avec cron et la petite commande MySQL qui va bien, le tout est détaillé avec force détail et un petit script sur le forum HFR :
http://forum.hardware.fr/forum2.php3?post=21283&cat=11
J'utilise un script similaire et ça marche impec'. J'en ai besoin pour sauvegarder chaque jour ma DB sur mon site SourceForge, où réside le forum ToutFr, et je peux te dire que ça marche impec'
Au besoin, tu peux modifier le code pour que ça arrive sur ton ftp ou autre ...