Si tu réinstalles (réinstaller et pas réparer !) dans un dossier séparé, ça ferait bien quelque chose
ton windows sera tout neuf, mais par contre t'auras deux dossiers windows sur ton c:\, et le program files commun aux deux.
Donc effectivement le mieux c'est de faire un bon formatage et de repartir sur une base 100% saine, mais l'autre solution est envisageable.